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利用perl语言从GCF_016889705.1.gff文件中提取以下信息,seqid、type、start、end、lenth、interval、product

时间2023-12-15 12:44:08 提问来自 新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市 的网友 分类AI文字 浏览30123 热度0
Perl语言可以用来从GCF_016889705.1.gff文件中提取seqid、type、start、end、length、interval和product信息。下面是一个示例: #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $file = 'GCF_016889705.1.gff'; open (FILE, "<$file") or die "Cannot open file $file: $!"; while (my $line = <FILE>) { # skip empty lines and comments (lines starting with "#") next if ($line =~ /^\s*$/ || $line =~ /^#/); # split line into fields my @fields = split(/\t/,$line); # extract the required information from the fields of each line my ($seqid, $type, $start, $end, $length) = @fields[0..4]; # calculate interval between start and end positions my $interval = abs($start -$end) + 1; # extract product field from attributes column in GFF file (last column) my ($product) = ($fields[8] =~ /product=(.*?);/); print "$seqid\t$type\t$start\t$end\t$length\t$interval\t$productn"; } close FILE;

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